Struktura organizacyjna Instytutu Stosunków Międzynarodowych WNPiSM UW opiera się na 7 zakładach. Pracownicy zakładów poświęcają się nie tylko prowadzeniu badań, ale również dydaktyce.

Kierownicy zakładów:

• Zakład Azji i Pacyfiku – dr hab. Jakub Zajączkowski
• Zakład Ekonomii Politycznej Stosunków Międzynarodowych – prof. dr hab. Marian Edward Haliżak
• Zakład Historii i Teorii Stosunków Międzynarodowych – prof. dr hab. Ryszard Zięba
• Zakład Integracji Europejskiej – prof. dr hab. Dariusz Popławski
• Zakład Studiów Pozaeuropejskich – prof. dr hab. Marcin Gawrycki
• Zakład Studiów Strategicznych – dr hab. Roman Kuźniar
• Zakład Prawa i Instytucji Międzynarodowych – dr hab. Sylwester Gardocki

W ramach Instytutu funkcjonuje także Centrum badań nad współczesnymi Indiami.